卫拉特（Oirat）蒙古四部
清朝讲新疆历史需要先从卫拉特蒙古开始
广义上的蒙古人可以分为两部分，其一是“草原百姓”，也就是蒙古本部，明朝称之为鞑靼；另一只是“林中百姓”（成吉思汗较晚统一的北方部族，原居住于贝加尔湖向西至叶尼塞河上游周围的森林地带），元朝时称斡亦剌惕/外剌、明史称瓦剌、而到了清朝称为卫拉特/厄鲁特蒙古，近现代有了漠西蒙古/西蒙古的称呼。
明朝之时，瓦剌在西，鞑靼在东，这两大势力的争斗贯穿了整个明朝。瓦剌曾在也先太师时击败鞑靼，短暂统一了整个蒙古草原，但随着也先的去世，鞑靼复兴，瓦剌被赶出了东蒙古，瓦剌逐步西迁。
明朝中后期
卫拉特只是一个部族联盟：在北元脱欢太师统治期间，科尔沁一部由呼伦贝尔迁往卫拉特驻地，并将其部落的名字改为了和硕特，加入了卫拉特联盟；与此同时，土尔扈特部（成吉思汗时期结拜的兄弟部落——克烈部的直系后裔）也投奔了脱欢；加上也先长子博罗纳哈勒统领的杜尔伯特部和次子阿失帖木儿统领的准噶尔部，后来并称四卫拉特，除此之外还有辉特等小部。
卫拉特各个部落大体是平等关系，前期部落盟主（盟主不是集权一身的汗王，他只有召集权）是准噶尔部，也先杀死北元皇帝自己称汗，引起了包括卫拉特在内的大量蒙古人的不满，因此准噶尔部丧失了大量的部众，势力衰退，在公元16世纪中期后，和黄金家族有渊源的和硕特部在卫拉特四部中实力最强，其首领也成为了卫拉特的盟主。
明朝末年，卫拉特四部牧地从叶尼塞河的八河地区跨过阿尔泰山到楚河流域的七河地区，卫拉特所面临的是一个被包围的周边局势：东部是年年征战的兄弟喀尔喀蒙古；西部是抢夺牧场的哈萨克汗国；南部是“圣战”异族叶尔羌汗国；北部则是不断南下的俄罗斯帝国；此外，还有崛起于东北的的后金。
领地的受限和不断增长的人口及牲畜产生了不可调和的矛盾，而且除了外部敌人之外，内部准噶尔部的壮大也在不断挤压其他部族的生存空间：土尔扈特部先祖在成吉思汗西征后就游牧在额敏河流域（今天新疆塔城地区），它西部为哈萨克汗国，北方俄罗斯在17世纪初已经侵入到了土尔扈特部的领地，而准噶尔部也在侵蚀他们的牧场，所以在1628年土尔扈特部联合了和硕特部和杜尔伯特部的一小部分，共计20万人，向北绕过西面的哈萨克草原，在历时两年，向西跋涉三千公里后，至伏尔加河下游无主的牧场，在这里建立了土尔扈特汗国。
这时的准噶尔部在新疆北疆地区开始强盛：准噶尔部的绰罗斯·和多和沁1634在其父死后继位，第二年西藏黄教（格鲁派）的达赖喇嘛授予其“额尔德尼巴图尔珲台吉”称号（“额尔德尼”，满语，意为珍宝。“巴图尔”，蒙语，意为勇士。“珲台吉”，蒙语，或说源于汉语皇太子，是仅次于汗的蒙古贵族封爵），后人称巴图尔珲[hún ]台吉，他通过联姻方式缓和了和卫拉特各部的关系，同时联合了喀尔喀蒙古， 1640年在塔尔巴哈台就召开了喀尔喀、卫拉特各部首领会议，制定了著名的《蒙古-卫拉特法典》，法典包括宗教、社会、生活等各个方面，还写进了卫拉特和喀尔喀结束内战的善后措施，明文规定了两大部落和各部之间在对外战争中相互支援、共同抵御敌人的条款。在清朝定都北京后，1646年，巴图尔珲台吉同和硕特的固始汗等卫拉特各部23名首领一起，联名向清朝通好。他对俄罗斯采取了打拉结合的方式，而对哈萨克汗国则是坚决打击，在中国西北地区抵御了国外势力的入侵。
《巴图尔珲台吉》连环画，新疆人民出版社
而卫拉特的另外一支和硕特，游牧地也是在塔尔巴哈台至天山北麓乌鲁木齐的广大牧场，其中一部分早年和土尔扈特部西迁，固始汗率领的一部分和硕特于天聪十年（1636年）应西藏格鲁派摄政索南群培和四世班禅、五世达赖之请，与巴图尔珲台吉联兵进军青海，击败却图汗，占据青海，1640年又发兵西康，灭苯教政权的顿月多吉。1642年攻占西藏当时的王国首都日喀则，灭噶举派的藏巴汗政权（噶玛王朝）。这样固始汗几乎占据了整个青藏高原，和硕特汗国建立。
固始汗雕塑（青海省海西州德令哈）
鄂齐尔图汗是固始汗的大哥拜巴嘎斯长子，固始汗远征青藏高原，他依旧守天山南北的和硕特故地。本来卫拉特只有一个盟主即和硕特汗，但后来由于准噶尔部的强势，他与准噶尔部的巴图尔珲台吉共为卫拉特盟主。后来与新的准噶尔部首领噶尔丹（巴图尔珲台吉第六子，自幼就被确立为藏传佛教活佛）冲突。在1675冬被噶尔丹打败，归降噶尔丹，1680年在博尔塔拉病逝。
叶尔羌汗国的灭亡 康熙三征噶尔丹
之后的几年，噶尔丹已完全控制了卫拉特全境。噶尔丹取消了各自为政，互不统属的传统松散的卫拉特联盟，取消了中间各部族长的权力和各部大小珲台吉（或台吉）、克什(太师)、济农等称谓。将部族长的权力分散到各鄂托克宰桑手里。扁平化管理，噶尔丹的一切指示和命令，直接传达到各鄂托克宰桑处，由宰桑具体执行，并向噶尔丹负责。这样就把权利高度集中在自己手里，从而完成了联盟制向国家政权的过渡。1678年，噶尔丹获得了五世达赖喇嘛所赠 “噶尔丹博硕克图汗”之称号。为此，噶尔丹举行了隆重的大典，喀尔喀札萨克图汗成衮也前来参加。准噶尔汗国就这样形成。
之后的10年是噶尔丹在中国西北攻城掠地的历史：噶尔丹统一卫拉特各部的同时，天山南部的叶尔羌汗国政治动荡，吐鲁番、阿克苏、喀什噶尔、叶尔羌（莎车）各地都各自为政，1679年，噶尔丹向东进军，迫使吐鲁番、哈密臣服，末代君王伊斯梅尔在黑山派的支持下在叶尔羌登基，并在喀什噶尔对白山派进行了血腥的镇压。 白山派首领阿帕克和卓（原名：伊达雅图勒）逃出喀什噶尔,潜入克什米尔,从这里又进入西藏，他拜见了五世达赖喇嘛, 五世达赖遂派他携带书信去见准噶尔的噶尔丹。在公元1680年,噶尔丹派出12万骑兵,翻越天山,经阿克苏、乌什、喀什噶尔,到达叶尔羌。噶尔丹的军队,在白山派信徒的全力配合下攻下了叶尔羌城，伊斯梅尔及王室成员，还有黑山派和卓首领被迁往伊犁。至此叶尔羌汗国灭亡,天山以南的广大地区进入准噶尔汗国的版图。
阿巴克霍加麻扎（阿帕克和卓家族墓，香妃墓——新疆喀什市东郊5Km）
1681-1684年，噶尔丹连续对哈萨克草原和费尔干纳地区用兵，攻占塔什干、撒马尔罕、布哈拉、乌尔根齐等城市。
与此同时，1681年清王朝康熙帝平定三藩之乱后，也开始步入太平盛世。
当时整个北方蒙古部落依旧没有具有统一号召力的大汗，而女真的壮大面临如何处理和西侧蒙古人的关系——后金从努尔哈赤开始就和蒙古人通婚，而到了皇太极称帝，他的五宫“一后四妃”全部都是蒙古贵族女子，皇太极在1635年击败察哈尔部后，完全征服了漠南蒙古，他成功通过和亲加铁腕，“满蒙一家亲”，成为了满蒙共主。
噶尔丹经过多年的蓄力，准噶尔汗国在西部地区已经是一个强大国家，1688年，噶尔丹抛弃《蒙古一卫拉特法典》，率军3万，越过杭爱山，进攻漠北的喀尔喀蒙古。1689年清朝和俄罗斯签订《尼布楚条约》，解决了东北方向后顾之忧，就开始专心对付噶尔丹了。这是一场最高汗位的争夺，也是蒙古“活佛”对清朝“天子”的战争，康熙尤其重视：
1690年，噶尔丹已经击溃喀尔喀蒙古向东逼近清朝边境乌兰布统（内蒙古赤峰西北），康熙亲率10万大军分五路进军，噶尔丹由于兵力劣势，用骆驼搭建“驼城”来防御清军，但是最终并没有出现奇迹，后假装投降趁夜色逃往漠北。
经过5年的休养生息，噶尔丹于1695年率领5万精骑再次东进。这一次，噶尔丹扬言“借俄罗斯鸟枪兵六万，将大举内犯漠南”。康熙帝派出20万大军再次御驾亲征，兵分三路夹击噶尔丹。5月，清西路军在大将军费扬古率领下，于昭莫多（今外蒙古乌兰巴托）大败噶尔丹，歼灭其主力，噶尔丹只率领数十骑远遁。
清朝平定准噶尔回部进军路线图
康熙三十六年（1697年）二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。4月康熙帝亲赴宁夏，指挥这次军事远征行动。此时伊犁河流域已是宿敌——他的侄子策妄阿拉布坦所控制，俄罗斯认为噶尔丹已成政治包袱而拒绝接纳，南疆、青海和哈萨克都开始反叛，清朝封锁了噶尔丹逃往青海、西藏去的道路。在无路可退的境地下，4月4日，噶尔丹在科布多地区布颜图河边的阿察阿穆塔台（今新疆富蕴可可托海和外蒙古科布多之间）病亡，年53岁。
准噶尔再征哈萨克和南疆
1698年，僧格（噶尔丹的大哥）的儿子策妄阿拉布坦正式成为准噶尔大汗。准噶尔故地尽归其所有。策妄阿拉布坦在对抗噶尔丹时，就一直主动联系清朝寻求支持和帮助，很快便得到了对方积极响应。在与清朝达成和平共识、国内局势日趋稳定后， 1698年，他发动了对哈萨克汗国的战争。大约在1700年，策妄阿拉布坦又南征叶尔羌、喀什噶尔。由于在噶尔丹之前攻下叶尔羌之后，黑山派、白山派就在新疆叶尔羌、喀什噶尔等地展开了长期的混战。策妄阿拉布坦为制止这种混乱，干脆把白山派、黑山派的和卓后裔全都迁至伊犁。阿帕克和卓之孙玛罕穆特（Mehmud）后来就在死在伊犁，留下两个儿子：波罗尼都、霍集占两兄弟，后来被称为“大小和卓”。
1716年，准噶尔汗国联合土尔扈特汗国，向阿亚古斯河谷附近的哈萨克人发动了进攻。1718年，准噶尔汗国再一次击败哈萨克军队，使之彻底退出了阿亚古斯河以西地区。最终使哈萨克分裂为大玉兹、中玉兹和小玉兹三个汗国，并均臣服于准噶尔。
哈密回王家族
对于东疆，早在噶尔丹败亡之前，策妄阿拉布坦就尝试向吐鲁番和哈密地区渗透。1679年，噶尔丹攻占吐鲁番、哈密地区，哈密阿奇木伯克额贝都拉向噶尔丹投降，被噶尔丹任命为达尔汉伯克，作为准噶尔在哈密地区的代理人。
早在1693年，清政府派遣理藩院员外郎马迪前往策妄阿拉布坦处，商讨征战噶尔丹，在哈密被噶尔丹的士兵杀害。额贝都拉对于清朝使臣被害之事感到不安，加上他不堪忍受噶尔丹屡屡向哈密征粮，而康熙帝又对哈密采取招抚政策，因此打算投靠清政府。
伴随着噶尔丹在昭莫多之战的惨败（1696年），南疆的之前被征服地区都已叛离准噶尔，既不听命于噶尔丹，也不听命于策妄阿拉布坦。此时额贝都拉决定归顺清朝。当年九月，他派阿林伯克进京，向清朝进贡骆驼一头、马二匹、小刀一柄，请求内附，表示愿意为擒拿噶尔丹效力。随着额贝都拉内附，清朝势力迅速扩大到嘉峪关以外，成为清朝打击准噶尔、进军西域的前哨。
1697年，额贝都拉得知噶尔丹之子色布腾巴勒珠尔窜至巴里坤的消息后，就让其子郭帕伯克率二百士兵，将其擒拿，献给清廷，并请求赐印，以免准噶尔部再来侵扰；又请求迁移部分民众屯田于肃州（今甘肃酒泉），这样能够东西相应，便于守卫哈密。康熙皇帝批准，命令哈密地方按蒙古体制，以旗编制村镇，额贝都拉被授予一等扎萨克，并颁发扎萨克印（1867年升至亲王，为清代维吾尔贵族中地位最高者），并在肃州拨给地面，让他移民屯垦。从此，额贝都拉家族在哈密的两百多年的世袭统治正式确立。
哈密回王府（新疆哈密）
乾隆统一新疆，平定叛乱
1730年后准噶尔因为清朝的对其分而治之的原因，和清军在外蒙古大战，互有胜负。1734年准噶尔的噶尔丹策零主动向清朝提出“请和”，并很快得到了清朝的积极反馈。1739年底，关于边界勘定，双方就赴藏“熬茶”（礼佛）、互市贸易等事宜的谈判正式宣告完成。1745年，准噶尔汗国爆发大瘟疫，五十岁的噶尔丹策零于同年九月在伊犁染病去世。噶尔丹策零死后准噶尔内部爆发持续的内乱，“机不可失，失不再来”，乾隆二十年（1755年）春，乾隆以轻骑兵速战速决的方式，兵分两路分别从哈密和科布多出发，出兵5万，用时2个月，行军至伊犁，准噶尔汗国的达瓦齐则拒绝投降，清军在伊犁西南的格登山平定最后的准噶尔部叛军，叛军首领达瓦齐逃窜到南疆，最终被乌什维吾尔首领霍集斯擒获并押交清廷，准噶尔汗国灭亡。为了纪念这次的胜利，1761乾隆下令在伊犁立下《格登山碑》，以满、汉、蒙、藏4种文字镌刻。
《格登山碑》位于新疆昭苏县城西南60Km的格登山上
在平定达瓦齐之后，乾隆皇帝对准噶尔依旧是分而治之的策略，并且已经预定的各部首领，在军事布置上，乾隆将伊犁的军队大量撤回了内地，只让班第带领500人驻守伊犁，另外少量军队驻扎在乌鲁木齐。早先归顺清朝的阿睦尔撒纳一心相当卫拉特四部的大台吉，利用清军撤走的机会，煽动各部叛乱，清朝不得不调兵直到1757年才将其平定，此时准噶尔之乱才被彻底平叛，清乾隆帝把西域天山南北这一地区称为“新疆”，与此同时，白山派和卓后裔“大小和卓”被放回南疆，3月在南疆发动叛乱，直到1759年7月被处死。叛乱平定。
《平定准噶尔回部得胜图》（和落霍澌之捷·局部），郎世宁等绘，法国铜版印本，册页装
故宫博物院链接详图
B站上对铜版记功的详细描述（台湾的纪录片，无论配音和视频资料都是高水准）
多年的叛乱被平定后，新疆已经千里荒芜，乾隆二十五年（1760）年，100名负责保护首批维吾尔移民的汉族绿营兵被安置在清水河屯田，乾隆二十六年至三十四年（1761-1769年），清朝陆续从南疆迁移大批维吾尔族到伊犁种田纳粮，迁移此地的维吾尔人此后就被称为“塔兰奇”（农民），并陆续从内地抽调绿营兵2500名，分驻伊犁周围各个地方。
同时清朝政府从1762年至1764年，从热河、凉州、黑龙江、张家口等地调满洲蒙古兵万余人进驻伊犁。
乾隆二十八年（1763）至二十九年（1764），达斡尔族士兵由黑龙江分两批进入新疆，被安置于伊犁河北霍尔果斯一带牧耕驻防，编入索伦营。
清朝政府又决定，从盛京（今沈阳）各城，再调锡伯族官兵1020名携带家眷调往伊犁。1764年农历4月18日，锡伯族官兵及其家属共4030余人，扶老携幼。赶着牛车，分两批离开盛京，经克鲁伦路和蒙古路，先抵达乌里雅苏台（今蒙古人民共和国扎布哈朗特）扎营过冬。第二年3月，他们继续向伊犁进发，经阿勒泰、额敏、博尔塔拉等地，终于在7月20日、22日先后抵达目的地，乾隆三十一年( 1766 年) ，西迁的锡伯族正式定居伊犁河南岸的察布查尔地区，组建锡伯营、兴修水利、屯田垦地。现在每年的农历四月十八日在新疆伊犁的察布查尔锡伯自治县的锡伯族都要举行“西迁节”来纪念这次大迁徙。
佟丽娅（新疆锡伯族）
至此“伊犁地极西徼，又为将军帅庭，故较之乌鲁木齐驻兵尤多。有满洲、蒙古八旗兵，有绿营屯兵，有锡伯、索伦、察哈尔、厄鲁特等兵，环卫森严，所以靖边圉而资控驭，最为整肃”。
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为了管理新疆，清朝政府在1762设立总统伊犁等处将军，简称“伊犁将军”，驻惠远城（新疆霍城县南），这是新疆的最高军政长官，清廷对南疆维吾尔聚居的地方实行伯克制——由当地的维吾尔官员管理，但废除了伯克世袭, 并把任命伯克的权力紧紧掌握在自己手中；对哈密、吐鲁番等蒙古族游牧地区实行扎萨克制——蒙古的盟旗制度；对天山北麓汉族回族聚居的巴里坤、古城(今奇台)、乌鲁木齐及其以西直至喀喇乌苏（奎屯至精河一线）一带和关内一样设府、厅、州、县；而之前准噶尔汗国西侧的吉尔吉斯、哈萨克、浩罕等部清朝视作藩属，实行册封。
土尔扈特东归
从17世纪末开始，俄罗斯与奥斯曼帝国就争夺黑海北岸地区展开了旷日持久的战争。为了应对战争的需要，俄罗斯大量从能真善战的土尔扈特部征兵，并加强了对土尔扈特部的控制，土尔扈特部的独立性受到削弱。
西迁之后，土尔扈特部人依旧保持自己的蒙古传统，俄罗斯武力相逼土尔扈特人放弃佛教改信东正教，激起剽悍勇武的土尔扈特人的反抗。同时土尔扈特西迁后朝见皇帝和赴西藏熬茶礼佛的使团就未间断：早在1698年，一支由五百人组成的土尔扈特使团前往清朝，被清朝安置在了内蒙古最西端的额济纳旗。这五百人成为了第一批回归的土尔扈特人。1712年，另一支庞大的土尔扈特使团抵达北京，表达了土尔扈特部想要东归的愿望。康熙皇帝当年立刻派出使团前往土尔扈特部，并向其表示清王朝愿意接受并安置他们的想法。
得到清王朝积极回复的土尔扈特部东归的想法越发强烈。此时的东亚的局势也发生了变化，18世纪中期，清王朝消灭了准噶尔汗国，将整个新疆地区纳入版图，但哈萨克汗国也被俄罗斯彻底控制，土尔扈特部彻底成为一座被俄罗斯包围的孤岛。
西迁的吐尔滬特部位置
1761年，十九岁的渥巴锡继位成为土尔扈特部落西迁后的第七代首领，次年，叶卡捷琳娜二世率领禁卫军发动政变后登基，成为俄罗斯帝国女皇，俄罗斯在土尔扈特部落周围修筑堡垒，加派军队，对土尔扈特人进行监督和镇压，强迫土尔扈特人参加俄土战争。1768年，第五次俄土战争爆发，仅在1769-1770年，土尔扈特部就为俄罗斯军队提供了八万的青壮年参军。面对部落日渐空虚的情况，土尔扈特人决定重返祖国。
1770年9月，他们原计划居住在伏尔加河南岸的3.3万户土尔扈特人和北岸的1.3万户在冬季河水结冰后渡河同行，并且将时间定在了次年春天。正在土尔扈特部准备东归的时候，消息被叛徒泄密给俄国督军，俄国已经开始调集军队，但是这年冬天天气异常温暖，伏尔加河迟迟不结冰，而南岸的人们已经做好了准备，土尔扈特部不得不提前出发，1771年1月5日，首领渥巴锡只能带着南岸的约16.9万土尔扈特人，赶着牲畜，携带辎重，浩浩荡荡的开始了返回祖国的远征。
《东归英雄传》 马景涛/斯琴高娃/宁静 2006
等叶卡捷琳娜二世反应过来以后，命令哥萨克骑兵追击，东归大军摧毁了乌拉尔河沿岸四座城镇和六个要塞，迅速进入大雪覆盖的哈萨克草原，但是遭到哥萨克骑兵的袭击，九千名战士壮烈牺牲。在奥琴峡谷，他们正面佯攻，后面包抄，全歼哥萨克守军，打通东进之路…此后又经过半年多和当地的哈萨克汗国的浴血奋战，渥巴锡率部族在1771年7月17日抵达伊犁河畔，回到祖国的土尔扈特部此时只剩下1.5万户7万多人口，财物和牲畜几乎损失殆尽。
俄国女皇致书清廷，要求清廷不要接纳土尔扈特部东归。乾隆帝断然回绝：“尔等若要追土尔扈特人可于俄罗斯境内追之，我等决不干预，然其已入我大清，则尔等不得任意与我界内追逐，若尔等不从我言，决然不成，必与尔等交战。”
《叶卡捷琳娜二世》俄罗斯历史剧， 2019 第三季结束
配BGM剪辑的《叶卡捷琳娜二世》
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两个月之后，乾隆皇帝在河北承德接见了渥巴锡，渥巴锡被封为汗。跟随他的几个部落首领被封为王，清朝调拨了无数物资给土尔扈特人。乾隆三十八年（1773年）东归部落被清廷分配到各个易牧地区。渥巴锡直属被称为旧土尔扈特，被为了东、西、南、北四路：东路在库尔喀喇乌苏（乌苏）一带；西路在精河县一带；渥巴锡本人则担任南路的盟长，南路被安置在喀喇沙尔北裕勒都斯草原（今新疆巴音布鲁克草原），并设置了4个旗；北路在和布克赛尔。舍楞所带领的部落，则被称为新土尔扈特部，被分配到了科布多阿勒泰地区。和硕特部的恭格部则分配至博斯腾湖畔（今新疆和硕）。
在当地土尔扈特民歌中，依旧传唱着这样的语句：“伏尔加河的河水很好喝，但是祖国伊犁的河水更好喝，跨上了我的雪青马，踏上了回归的路途，七个部落的蒙古人，不是为了生命而为了尊严”。
吐尔滬特人的西迁和东归路线图
左宗棠抬棺西征，新疆建省
时间进入到19世纪，清朝政府边防废弛，日益腐败；清朝统一新疆，剪除了南疆地区和卓（圣裔，先知穆罕默德的子孙）势力对政权的直接控制。
1826年7月，之前“大小和卓之乱”的大和卓的孙子张格尔在中亚浩罕国（乌兹别克境内）的支持下入侵新疆，9月占领南疆西四城（喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗），1828年的6月，张格尔才被新疆驻防的清军击败，后押解到北京处死。
1839年的钦差大臣林则徐在广东省东莞虎门销烟，一年后，第一次鸦片战争清军战败，清政府签订了《南京条约》，清朝的弱象尽显。
1847年7月，以迈买迪明为首的七个和卓后裔又是在浩罕国的支持下进犯南疆西四城，这次抢掠持续两个月后，贼寇裹挟财物逃回境外；1857年在中原太平天国运动影响下，南疆库车、和阗等地掀起了反抗压迫和奴役的斗争；和卓后裔倭里罕看到时机成熟，又是在浩罕国的支持下6月入侵喀什噶尔回城，清军历时3个月，把倭里罕赶回了浩罕。
1860年，第二次鸦片战争，英法联军攻入北京，觉得没占着什么便宜的俄罗斯在11月，以“中立国”的身份诱迫清政府签订《中俄北京条约》，1864年9月，做为条约的划界谈判，双方在新疆塔城签署了《中俄西北勘分界约纪》，俄罗斯割占中国西北44万平方公里的领土（位于巴尔喀什湖以东以南地区）。
4个月后， “中亚屠夫” 浩罕国军官阿古柏入侵南疆喀什噶尔，因为南疆有广泛的穆斯林基础，加上清朝当地的政府官员和伯克政治腐败，压榨人民，起义此起彼伏，阿古柏打着“伊斯兰教解放者”圣战的旗号，到1867年7月南疆七城（和阗、叶尔羌、英吉沙尔、喀什噶尔、乌什、阿克苏、库车）均被阿古柏攻陷，阿古柏自命为“哲德沙尔汗国”（哲德沙尔维吾尔语意为七个城），1870年阿古柏又相继攻陷吐鲁番和乌鲁木齐。
阿古柏侵占的新疆地区
此时，来自南方印度的英国势力和来自北方的俄罗斯势力在中国西侧角力，阿古柏受到英国背后的支持，侵占了新疆南疆的大部分城市；俄罗斯则在1771年，派兵直接占领了伊犁，中国西部边疆告急！
清朝政府在镇压陕甘回民起义的同时，增强哈密、科布多方面的兵力，等待时机西征。但是“破屋偏逢连夜雨,漏船又遇打头风”1873，日本发动了入侵福建省台湾府的战争。1874年12月，直隶总督李鸿章借口海防筹饷困难提出放弃新疆；但是左宗棠和湖南巡抚王文昭反对，提出“海防”和“塞防”互为表里，缺一不可，应当并重，要求加强西北塞防，收复新疆。当时的陕甘总督左宗棠认为收复新疆是国家的头等大事，丝毫不得拖延!中国之地岂容外人插手？当时左宗棠63岁，已过花甲之年，他叫人给自己打制了一口上等材质的棺材，最初就停放在兰州的陕甘总督衙门的院子里，向朝臣和将士宣告，收复新疆，矢志不渝。
陕甘总督时期的左宗棠
“塞防论”特别得到当时军机大臣文祥等人的支持，清朝政府最终下决心，决定任命左宗棠为钦差大臣，全权负责新疆军务，准备西征收复新疆。打仗就需要粮饷军火——这都是钱，清朝当时掏家当在给各国赔款，而且海防也需要军费，清政府只答应拨付左宗棠200万两白银，又责成各地方省协饷共计300万两，政府的拨款远远不够，之后左宗棠在胡雪岩的协调下向外国洋行借款1800万两。
左宗棠在陕甘地区筹集军粮，采购和制备大炮洋枪等先进武器装备，经过一年的积极备战后， 在1876年3月16日，左宗棠离开兰州挥师西进。部队主力为刘锦棠带领的老牌湘军。左宗棠当时也制定了详细的作战部署：第一步，消灭新疆阿古柏的外来势力，第二步，以武力从俄罗斯帝国手里收回伊犁地区。1876年4月7日，左宗棠抵达肃州（甘肃酒泉），指挥各军入疆。同时制定了剿灭阿古柏势力“剿抚兼施”、“先北后南、缓进急战”的策略，西征军先到哈密，随后翻过天山，穿过戈壁，逼近乌鲁木齐。1876年8月18日，刘锦棠率兵拿下乌鲁木齐，北疆收复。经过一个冬天的休整后，1877年4月17日-19日，清军接连拿下达坂城和托克逊，至此打开了进入南疆的门户，1877年5月29日阿古柏在库尔勒暴毙（中毒？脑猝？），至1878年1月，西征军收复和阗，盘踞新疆12年之久的阿古柏匪帮被全歼，新疆回到了祖国怀抱。早在10年之前，新疆各种反叛势力的背后黑手浩罕国就已被俄罗斯兼并，此时已经是俄国的费尔干纳省。
1880年，清朝政府改派曾国藩的长子曾纪泽前去俄罗斯谈判收复伊犁事宜，农历四月，69岁的左宗棠亲自带兵，并带着自己的棺材，从肃州出发，一个月后到达哈密（《勘定西北记》卷四.武功记，魏光焘），左宗棠屯兵4万人于哈密，扬言为收复伊犁不惜和俄帝国一战，他派遣三路大军全面包抄伊犁，对俄罗斯施压；李鸿章也请鸡贼的英国进行斡旋，曾纪泽（曾国藩次子）长期处理外交事务，非常富有外交经验，在谈判中据理力争，双方僵持半年，最终各退一步，1881年（光绪七年）2月21日，双方在圣彼得堡签订了《中俄伊犁条约》，俄罗斯同意归还特克斯河谷和通往南疆的穆扎尔山口，但仍占有霍尔果斯河以西地区。但赔款却由五百万卢布增至九百万卢布，这样清政府以赔款的方式收回了伊犁。
1882年（光绪八年），俄罗斯正式交还伊犁，时任两江总督的左宗棠第五次向清朝政府奏请新疆建省，1884年（光绪十年）11月新疆省正式建立。 清廷正式任命刘锦棠为甘肃新疆巡抚，改时任甘肃布政使魏光焘为甘肃新疆布政使。新疆军政中心由伊犁移至迪化（今乌鲁木齐）。
大将筹边尚未还，湖湘子弟满天山。
新栽杨柳三千里，引得春风渡玉关。
——《恭诵左公西行甘棠》 清代 杨昌濬[jùn]
后记：
清朝的新疆历史分三段来看：
第一段：满清和蒙古的斗争。建州女真和准噶尔部差不多都在17世纪初开始崛起，各自花了半个世纪的时间分别统一的东部和西部：1680年天山以北的噶尔丹灭南疆的叶尔羌汗国，1681年康熙彻底平定三藩之乱，之后康雍乾三朝最大的隐患就是蒙古，历史的天平则偏向了清王朝，1757年乾隆彻底平定准噶尔部叛乱；
第二段：满清和南疆本地宗教叛乱势力的斗争。消灭的帝国西部的强权之后，由于新疆地域远离中央王朝，之前被准噶尔强权压制的小势力纷纷抬头，1757至1850年间接近100年是断断续续的都是南疆六城的和卓后裔叛乱。
第三段：而鸦片战争之后，到了1860年，随着英国和俄罗斯势力在新疆西部的扩张，形势则变成清王朝打击新疆的国外侵略者，直至1884年新疆正式建省。这时距离辛亥革命也只剩一代人的时间了。
新疆维吾尔自治区内一共五个民族自治州（低一级），蒙古族的就有两个：巴音郭楞蒙古自治州（47.15万平方千米，接近新疆面积的1/4）和博尔塔拉蒙古自治州，可是目前整个新疆蒙古族的人口占比不到1%。这是较少的人口而冠以较大的民族自治空间的历史原因。
2021年新疆全疆人口2585万(结合2018年数据)
从成吉思汗开始，800年的历史，蒙古和维吾尔对新疆的历史文化影响尤其深远。塔城地区的和布克赛尔是蒙古族史诗《江格尔》的故乡，也是《蒙古-卫拉特法典》的诞生地，整个北疆地区和南疆的巴音郭楞地区从明朝就是蒙古人的牧场，所以这些地区的很多地名都来自蒙古语：达坂（山顶的隘口）源于瓦剌语。乌鲁木齐（优美的牧场）来源于卫拉特语，博格达（神圣的）来自蒙古语——北疆来自蒙语的地名非常多。
和布克赛尔江格尔广场（新疆塔城地区和布克赛尔蒙古自治县，这里是当时准噶尔汗国的大本营）
清代康熙后期或噶尔丹时期，在北疆和中部新疆的卫拉特四部共20万户，60多万人 ；而乾隆二十六年（1761年），西域被统计的维吾尔人口约25万 ，基本上在南疆六城。乾隆征服准噶尔汗国时期正值汗国内瘟疫流行而病死4成、战死3成和外逃2成，人口剧降，原卫拉特区域千里荒芜，此后，清庭设“伊犁将军”管制西域，迁移汉、满、回、达斡尔、锡伯等来驻守和屯垦，又有土尔扈特部的东归，形成了近代的新疆13个世居主体民族（1782年乾隆四十七年所修《皇舆西域图志》总计新疆当时人口只有区区38万）。
同时游牧民族本身就需要比较大的区域策马放牧，新疆境内最大的两个自治州——巴音郭楞蒙古自治州和伊犁哈萨克自治州（副省级）——都是游牧地区。
现在说起来，满人还是要比蒙古人在元朝时接地气，虽然有多尔衮入关，要求汉人“留头不留发，留发不留头”要求表忠心的政令，但是从顺治开始满族人自身在加速汉化，顺治初年，清政府就为崇祯发丧，表明是继承明朝正统，奏章开始就使用了汉文，康熙朝有了《康熙字典》，自己六下江南， 且祭拜明孝陵；到了乾隆时期，乾隆虽然已经感觉到被动汉化的巨大危机：例如对皇子皇孙八旗官兵加强满语满文的训练，由管理宗人府王公每年举行两次满语考试，但自己内心抑制不住对汉文化的接受——乾隆自己三下江南，登泰山和祭拜孔庙，乾隆时期修史将李永芳、洪承畴这些在清开国立了大功的人物，冠以贰臣之名，而坚决抗清的侯峒曾、史可法却建祠堂或赐谥号——这里当然有政治考量，但这些皇帝的行动彻彻底底是汉人的形象，逐渐形成了“满汉蒙回藏”一家亲的局面。这也是目前新疆多民族和谐相处的历史基础。
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